고인돌의 모양과 형태는 각 지역에 따라 그 형태가 조금씩 다르다. 이는 각 지역마다 전통과 독자적인 문화속에서 만들어졌기 때문이다. 한국 고인돌의 형태 분류는 학자들간에 여러 이견이 많지만 크게 북방식(北方式), 남방식(南方式), 개석식(蓋石式) 등 3종류가 있다. 그러나 요즘에는 이러한 3가지 형식들이 한국 어디에서나 발견되고 있어 북방식은 탁자식(卓子式), 남방식은 기반식(碁盤式-반둑판식), 개석식은 무지석식(無支石式) 또는 변형고인돌이라고 부른다. 일반적으로 매장시설이 지하에 설치되어 있는 것은 남방식, 매장시설이 지상에 있는 것이 북방식으로 쉽게 구분된다.

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북방식고인돌(北方式支石墓)은 잘 다듬어진 판석(板石) 3매 또는 4매로 짜맞춘 석실을 지상에 축조하고 그 위에 편평하고 거대한 판석모양의 돌을 얹어놓아 마치 책상모양을 하고 있어 이를 탁자식(卓子式)이라고도 부른다. 대형의 북방식은 요동반도(遼東半島)와 한국 대동강유역(大洞江流域)에서만 나타나고 구릉이나 산중턱에 1기씩만 있다. 이외 지역의 북방식은 규모가 작고 석실 폭도 좁고 덮개돌이 두터운 것들이다. 일본(日本)에는 이 형식이 없다. 동남아시아나 지중해 연안에 북방식과 비슷한 고인돌이 있으나 한쪽 단벽에 구멍이 뚫려져 있다. 서유럽의 고인돌은 길죽한 돌 여러 매를 세워 긴네모꼴(長方形)의 석실을 지상에 만들고 그 위에 여러 장의 큰돌로 덮는 것이 특징적이다. 형태상 덮개돌이 1매인 차이는 있지만 인도(印度)와 동남아시아, 중국(中國) 절강성(浙江省), 제주도(濟州道)에서도 보인다.

남방식고인돌(南方式支石墓)은 판석을 세우거나 깬돌(割石)로 쌓은 석실을 지하에 만들고 그 주위에 받침돌을 4∼8개 정도를 놓고 그 위에 커다란 바위같은 돌로 덮어 마치 바둑판모양을 하고 있어 이를 기반식(碁盤式)이라고도 부른다. 덮개돌이 거대하고 괴석상태를 한 것은 호남과 영남지방에서만 보이고 석실이 없는 것이 많다. 일본이나 동남아시아에서는 소형의 덮개돌에 받침돌(支石)을 고인 것들이어서 덮개돌이 거대하고 웅장한 형태는 우리 나라 밖에 없다.

개석식고인돌(蓋石式支石墓)은 지하에 만든 석실 위에 바로 뚜껑으로 덮개돌이 놓인 형식으로 요동반도, 한국, 일본 구주지역(九州地域)에 널리 분포하고 있다. 이는 받침돌이 없는 남방식으로 분류되며 무지석식(無支石式) 또는 변형고인돌로 불리운다.

고인돌의 무덤방(石室)은 돌널형(石棺形), 돌덧널형(石槨形), 구덩형(土壙形), 독널형(甕棺形)이 있고, 그 평면 형태는 긴네모꼴(長方形)이 대부분이다. 돌널형과 돌덧널형은 중국, 한국, 일본에서도 보이지만 지역에 따라 약간 다르다. 특히 독널형은 일본 구주지역(九州地域)의 지역적 특징을 가지고 있다.

.... . ..고인돌 하부구조
	석관형	석곽형