..우리 나라 고인돌의 기원은 크게 자생설(自生說), 남방설(南方說), 북방설(北方說) 등 3가지 설(說)이 있다. 자생기원설은 한반도에서 독립적으로 발생했다는 설로 이는 우리 나라에 고인돌이 가장 많이 분포되어 있고, 형식도 다양하며, 주변의 고인돌보다 시기적으로 앞선 연대를 가지고 있다는 것이다. 이 설은 고인돌이 우리 나라에서 독자적으로 발생하지 않았다 하더라도 세계적인 밀집분포권을 형성하고 있고 또 오랜 기간동안 축조되어, 어느 지역의 고인돌 보다 독자적인 문화를 형성하였다.

남방기원설은 동남아시아로부터 해로(海路)를 통해 세골장(洗骨葬)·도작문화(稻作文化)와 함께 중국 동북해안지방과 우리 나라에 전파되었다는 설이다. 이는 우리 나라에서 평안·황해·전라도 등 서해안(西海岸)을 따라 고인돌이 집중 분포되어 있고, 남방문화의 요소인 난생설화(卵生說話)와 고인돌의 분포지역이 일치하고 있다는 점에서 벼농사를 배경으로 한 정착 농경문화와 함께 동남아시아 지역으로부터 전파되었다는 것이다. 하지만 동남아시아와 분포상 연결시킬 수 있는 중국 동해안지역 중 절강성만 40여기의 고인돌이 분포되었을 뿐이고, 또 형태상 차이를 보이고 있기 때문에 고인돌의 기원을 그 곳과 관련시키기에 어려움이 있다.

북방기원설은 우리 나라 청동기시대 대표적인 무덤인 고인돌이 북방의 청동기문화와 밀접한 관계가 있기 때문에 요령지방의 돌널무덤(石棺墓)에서 변화 발전하였다는 설이다. 이는 돌방무덤의 뚜껑돌(蓋石)이 1매석으로 대형화되면 무지석식 고인돌이 되고, 다시 지하의 무덤방이 지상에 노출되어 북방식 고인돌 형태가 되었다는 것이다. 형태상의 유사점에서 상당한 설득력이 있지만 중국 요령지방의 주변지역과 시베리아 등 북방지역에서 서유럽 사이에 고인돌이 분포되어 있지 않아 근거가 희박하다.

이러한 고인돌의 기원은 농경문화(農耕文化), 세골장풍습(洗骨葬風習), 난생설화(卵生說話) 등 남방문화의 요소가 고인돌에서 보이며, 한편 북방문화 요소인 비파형동검(琵琶形銅劍) 등 청동기문화가 남해안 고인돌의 껴묻거리(副葬品)로 발견되고 있는 점으로 볼 때 고인돌의 기원을 밝힌다고 하는 것은 매우 어려운 문제이다.


이제까지의 연구로 보면 아시아지역에서 그 중심 분포지가 우리 나라이고, 모양에 있어서도 북쪽에서는 북방식이, 남쪽에서는 남방식이 많으며, 돌널무덤과 유사한 개석식 고인돌이 중국 요령성을 포함한 한반도 전역에서 발견되고 있는 점으로 볼 때 우리 나라의고인돌은 남·북방의 문화가 융합된 독자적인 고인돌문화를 형성하였을 가능성이 매우 높다고 하겠다.