..고인돌은 언제부터 만들어졌을까? 라는 문제는 기록이 없기 때문에 출토된 유물의 연대와 형식간의 선·후(先後)관계로 추정하고 있다. 세계의 거석문화는 신석기시대부터 축조되었다고 하나 지역에 따라 그 형태나 시기가 각각 달리 나타나고 있다.

우리 나라의 경우 고인돌의 축조시기는 신석기시대 축조설과 청동기시대 축조설 등이 있다. 신석기시대 축조설은 거석문화가 신석기시대부터 만들어졌으며, 씨족(氏族)의 공동무덤(共同墓)의 성격을 띠고 있다는 점과 고인돌 주변에서 뗀석기(打製石器), 빗살무늬토기편(櫛文土器片) 등이 출토된다는 점을 들고 있다. 청동기시대 설은 기원전 2000년대 말과 1000년대 초와 중기설이 있다. 기원전 2000년대 설은 중국 요령지방의 고인돌 연대와 비교하는 설이며, 기원전 1000년대 초 설은 방사성탄소 연대를 참고하여 우리 나라 청동기문화의 형성과 관련하여 이해하려는 것이다. 기원전 1000년대 중기설은 1960년대 초까지 북방식고인돌의 연대로 제시된 설이다. 우리 나라 고인돌의 상한은 기원전 8세기설이 유력하게 받아들여지고 있다. 그런데 최근 북한에서는 종전의 기원전 12세기설에서 단군릉 발견 이후 고인돌을 단군조선(檀君朝鮮)과 관련시키기 위해 기원전 24세기까지 끌어올리고 있다.

하한연대(下限年代)는 청동기시대 전기 말기설, 후기설, 기원후 설 등이 있다. 청동기시대 말기설은 기원전 4세기를 전후한 시기로 세형동검문화(細形銅劍文化)보다 앞선 시기인 비파형동검 문화로 보는 것이고, 후기설은 기원전 3∼2세기 또는 서력기원전후로 보는 설로 세형동검 문화시기까지 고인돌이 축조되었다고 본 것이다. 하지만 세형동검 초기와 관련된 유물이 일부 출토되지만 소위 김해식토기(金海式土器)는 주위에서 발견된 것들로 직접적인 관련이 없다. 기원후 설은 기원후 1세기와 4세기가 있으나 1960년대 초까지 금석병용기시대(金石倂用期時代) 또는 가야계(伽倻系) 수혈식(竪穴式) 석실과 연결시킨데서 나온 것이다. 우리 나라 고인돌의 하한은 기원전 3∼2세기설이 대체적으로 수용되고 있는 편이다.

우리 나라 고인돌에서 출토된 유물이 간돌검 등의 석기류와 비파형동검과 같은 청동기는 청동기시대 전기에 해당하는 것으로 고인돌의 중심 연대는 청동기시대라 하겠다.

고인돌의 형식(形式)간 선후관계(先後關係)에 대해서도 북방식설, 남방식설, 개석식설 등이 있다. 중국과 남한 학계(學界)에서는 일반적으로 북방식 고인돌이 선행(先行)한다는 것이 우세한데, 이것은 고인돌이 북쪽에서 남쪽으로 전파되었다는 설과 고인돌의 출토유물중 북방식에서는 석기류(石器類)가, 개석식에서 청동기(靑銅器)가 출토된 점을 들고 있다. 북한에서는 개석식 고인돌이 앞선 것으로 보고 있는데, 이는 집단 무덤에서 개별무덤화되는 과정으로 발전했다는 설에 입각한 것이다